La Ley 60 de 1886 creó dos escuelas de minería, una en Medellín y otra en Ibagué. En 1887 se suspendió la de Ibagué y quedó sólo la de Medellín, la cual se llamó Escuela Nacional de Minas, y se formó como una institución independiente pero muy ligada en sus inicios a la Universidad de Antioquia.
El primer rector de la Escuela Nacional de Minas fue el General Pedro Nel Ospina, quien no se posesionó pero sí elaboró con ayuda de su hermano Tulio Ospina los estatutos y reglamentos de la escuela, que fueron una adaptación de los estatutos y reglamentos de la Escuela de Minas de California (Berkeley-EEUU), pero se fueron modificando de acuerdo con las necesidades de cada década. En principio se fomentó una filosofía con valores cívicos, éticos y de orden por medio del estímulo y el ejemplo que comprometían el comportamiento del estudiante no solo dentro de la escuela sino fuera de ella, además se introdujeron hábitos de sobriedad, de economía y principios morales de honradez, honestidad y respeto.
La Escuela Nacional de Minas abrió sus puertas el 11 de abril de 1887 bajo la dirección del Vicerrector Luís Tisnés pero debido a dificultades con la dotación, la reglamentación y el escaso número de alumnos, se cerró a los tres meses y fue reabierta un año después, el 2 de enero de 1888, bajo la rectoría de Tulio Ospina, y dotada con muchos elementos de la Universidad de Antioquia, entregados por el gobernador Marceliano Vélez. La creación de la Escuela Nacional de Minas realmente fue una cesión de la Escuela de Ingeniería de la Universidad de Antioquia, pero se le dio el carácter nacional, para que el sostenimiento fuese posible con dineros de la Nación, pues todos los intentos anteriores de crear una escuela de esa clase en Antioquia habían fallado por falta de fondos.
Eduardo Zuleta Gaviria asumió la rectoría de la Escuela Nacional de Minas de 1892 a 1895, pero frente a nuevos procesos de cierre por falta de presupuestos, decidió anexarla a la Universidad de Antioquia de 1895 a 1899 cuando asumió la rectoría en esa institución.
Así, en 1895 la Universidad de Antioquia abrió la Escuela de Ingeniería, donde graduó varios estudiantes de la Escuela de Minas, y durante la Guerra de los Mil Días la Escuela nuevamente estuvo cerrada. Después de esa guerra, la Escuela se reabrió en forma independientemente de la Universidad de Antioquia, el 5 de abril de 1904, bajo la dirección de José María Escobar, pero en 1905 volvió a cerrarse.
En 1906 la Escuela Nacional de Minas se reincorporó a la Universidad de Antioquia, porque Tulio Ospina, que era el Rector decidió anexarla a este centro formativo.
En noviembre de 1908, Tulio Ospina graduó a los primeros ingenieros de minas de la Universidad de Antioquia: Luis Osorio, Pedro Rodríguez, Francisco Rodríguez y Alejandro López. En 1911, Ospina se retiró de la Universidad de Antioquia, llevándose consigo la Escuela Nacional de Minas, dotándola nuevamente de un carácter independiente. Trasladó con ella los laboratorios y los profesores y la mitad de la biblioteca.
Cuando se comienza a expandir la Universidad Nacional de Colombia y aparece la Sede Medellín, la Escuela Nacional de Minas es incorporada a esta última, convirtiéndose en la facultad fundadora por medio del Acuerdo No. 131 de 1939 del Consejo Directivo de la Universidad, por lo que la Escuela sería anexada a la universidad en 1940.
La Sede actual fue inaugurada el 19 de diciembre de 1944, en el marco del primer Congreso Nacional de Ingenieros. En 1947 el Maestro Pedro Nel Gómez inicia el diseño de los murales de la Escuela Nacional de Minas y en 1949 comienza el mural titulado: “Homenaje al Hombre” en la cúpula del aula máxima de la Escuela, que concluirá en 1953.
Por muchos años, la Escuela sólo tuvo el programa para la formación de Ingenieros Civiles y de Minas. Más tarde, entre 1941 y 1950, diversas disposiciones dieron origen a que se ofrecieran nuevas carreras como Ingeniería Civil, Ingeniería de Minas y Metalurgia, Ingeniería Geológica y Petróleos y Arquitectura. Sin embargo, esta última se desarticuló de la Facultad en 1954. Posteriormente se creó la carrera de Ingeniería Administrativa, en 1960 y más adelante se crearon los programas de Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica e Ingeniería Química y el programa de Geología y Petróleos se separó en dos carreras diferentes. En el año 2010 se dio inicio al programa de Ingeniería Ambiental.
El ingreso de las mujeres a la Facultad de Minas se dio cuando Sonny Jiménez Arbeláez, se matriculó en 1941 al programa de Ingeniería civil y de minas, en una década en la que la universidad era testigo de una creciente presencia de individuos de clase media y en la que ya la reforma constitucional del régimen de López que otorgaba a las mujeres el derecho de ejercer cualquier profesión bajo las mismas condiciones que los hombres estaba consolidando una tendencia clara y evidente.
Fue así como Sonny Jiménez obtuvo su grado en 1946, Lilian Jiménez, su hermana en 1950 también se graduó del mismo programa y en 1954 Fanny Córdoba y Astrid de Greiff reciben su grado de Arquitectura, cuando este programa todavía hacía parte de la Facultad de Minas. En 1955 Gilma Monroe Castrillón recibe su grado de Ingeniera civil, y es así como estas mujeres pioneras lograron abrir las puertas de una facultad en la que no era frecuente ver mujeres, pero que desde mediados de los años sesenta, posibilitó una presencia permanente de mujeres estudiantes
Durante su historia la Facultad de Minas ha recibido innumerables premios y condecoraciones de los gobiernos nacional, departamental y municipal. De otra parte, dos de los edificios principales de la Facultad, en su calidad de obra arquitectónica del Maestro Pedro Nel Gómez, son considerados Patrimonio Nacional desde 1994. Estos edificios, contienen valiosísimos murales y esculturas de este ingeniero, arquitecto y artista egresado de la institución.
En el año 2012 nace el Centro de Desarrollo e Innovación CDi como puente entre la capacidad investigativa de los grupos de investigación y las necesidades de los diferentes sectores productivos, sociales y estatales. A su vez se crean las marcas de conocimiento.
En 2017 se crea el Instituto de Educación en Ingeniería, un espacio de reflexión y acción sobre el aprendizaje de la ingeniería, "Una ingeniería centrada en promover la vida".
En el 2018 por primera vez en la historia, es designada por parte del Consejo Superior Universitario una Decana en la Facultad de Minas de la Universidad Nacional de Colombia, Sede Medellín, la profesora Verónica Botero Fernández adscrita al Departamento de Geociencias y Medio Ambiente.
En ese mismo año, se impulsa desde la Facultad de Minas para el resto de la sede Medellín la estrategia Campus Sostenible con el objetivo de asumir el compromiso que implica la Agenda 2030 para el desarrollo sostenible.
En 2019 se crean dos nuevos programas de posgrado en la Facultad de Minas de la UNAL Medellín, la Especialización en Inteligencia Artificial y la Especialización en Nanotecnología Aplicada a la Industria del Petróleo y Gas como únicos en el país y pioneros en Latinoamérica. En el año 2020, se crea la Especialización contraincendios y explosiones.
En el año 2021 desde en Instituto de Educación en Ingeniería se presenta el Manifiesto de Ingeniería para la Vida, una propuesta para realizar un cambio de perspectiva que tenga como foco la vida en los territorios y en coherencia con ello, la Facultad ha hecho presencia con proyectos de investigación y extensión aportando solución a los problemas más sentidos de algunas comunidades.
En 2024 la Facultad de Minas cuenta con 12 programas de pregrado y 44 posgrados: 8 doctorados, 17 maestrías y 18 especializaciones. Su comunidad académica está conformada por 6092 estudiantes en pregrado y 594 en posgrados; y 194 docentes; 55 grupos de investigación reconocidos por Minciencias, 39 laboratorios: 17 de docencia, 12 de investigación y 10 de extensión.
La Facultad a lo largo de su existencia ha sido motor del desarrollo de la ciudad, del departamento y del país, a través de sus miles de egresados y egresadas, quienes han constituido la mayor parte del personal dirigente y técnico en las explotaciones mineras, las construcciones de distinto tipo, la infraestructura vial, los desarrollos hidroeléctricos, las obras de abastecimiento de agua, las obras sanitarias y la industria, así como en los planes ambientales, de desarrollo físico, económico y social en todo el país, entre otras labores de suma importancia para la investigación y el desarrollo.
Y seguimos creciendo… porque nuestra misión y visión van de la mano de las necesidades de los territorios y conscientes de los desafíos presentes. Con trabajo y rectitud somos semilla de transformación social por la vida.
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